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Handler CGI

CGI, do inglês, Common Gateway Interface é configurado como padrão em servidores com WHM/cPanel, por isso é o único garantido de estar instalado nesses sistemas. No entanto, ele não é recomendado e deve ser utilizado apenas como um reserva, caso o handler principal apresente problemas. Ele costuma ser acompanhado do módulo ruid2, pois seu padrão de criação de processos é para o usuário "nobody" (o que não é tão seguro), e precisa desta configuração adicional para que o administrador saiba quais contas são responsáveis por executar os scripts PHP e possa gerir o sistema em casos de abusos.

Sua forma de operação é "non-persistenly", ou seja, ele inicia um novo processo PHP a cada nova requisição ao servidor - o que tende a gerar um uso de CPU mais elevado, por criar processos PHP mais frequentemente, mas menor uso de memória (em geral).

Se ele não é recomendado, por que é padrão?

Pois ele funciona de maneira adequada com a maioria dos ambientes, embora tipicamente seja recomendado o DSO.